Pomimo tego orkowie przetrwali, gdyż część z nich skryła się na Wschodzie i na Południu, mnożąc się w plugawych jaskiniach mrocznych gór i wzgórz. W końcu zaoferowali swe usługi nikomu innemu tylko SAURONOWI, Czarnoksiężnikowi i wodzowi Melkora. W Drugiej Erze Słońca dobrze przysłużyli się Czarnemu Władcy w wojnie Saurona z elfami oraz we wszystkich innych bitwach aż po Wojnę Ostatniego Sojuszu, kończącą Erę upadkiem Mordoru i unicestwieniem większość orków.

Jednak ponownie część orków uchowała się w swych kryjówkach i, choć pozbawiono ich władcy, urządzali najazdy i zasadzki. Nie czynili ponadto żadnych poważnych planów podboju, aż do czasu, gdy po upływie tysiąca lat Sauron w postaci wielkiego, złego Oka Bez Powiek objawił się w złowrogim Dol Guldur, w Mrocznej Puszczy. Losy orków i Saurona zbiegły się ponownie. Przez dwa kolejne tysiąclecia ich siły rosły wraz z potęgą spadkobiercy Morgotha.

Zaczęli rozmnażać się w okolicach Dol Guldur, potem w Górach Mglistych. W 1300 roku w Mordorze zjawiły się Nazgûle, do których wkrótce przyłączyło się Królestwo Angmaru i jego orkowie. Po 600 latach terroru Angmar padł, jednak zasiane zło przeniosło się do Gondoru, do Minas Morgul. Kolejne tysiąclecie umacniło liczebność orków- tych z Gór Mglistych i tych z Mordoru.

Mówiło się, że Sauron nigdy do końca nie był z nich zadowolony i próbował polepszyć ich rasę przy pomocy swych potężnych czarów, co doprowadziło do powstania Uruk-Hai.

Wraz z upływem kolejnych stuleci zarówno Uruk-Hai jak i zwykli orkowie rośli w siłę, zawierali sojusze, chcąc zniszczyć wszystkie królestwa elfów i ludzi na Zachodzie. By osiągnąć swój podły cel sprzymierzyli się z Dunlandczykami i Balkami, z Woźnikami i Haradrimami, z Easterlingami z Rhûn oraz Korsarzami z Umbaru. Orkowie dotarli nawet do królestwa krasnoludów. Kiedy zaś w 1980 roku potężny demon, Balrog, zawładnął Morią, towarzyszyli mu orkowie z Gór Mglistych, którzy licznie nadciągnęli ze swej stolicy w Gundabandzie, by zaludnić pradawne miasto krasnoludów. Mieli w głębokiej pogardzie cały ich lud i zabijali każdego, kto znalazł się w pobliżu królestwa-kopalni.

Wściekłość krasnoludów była tak wielka, że nie zwracali już nawet uwagi na cenę zemsty. Przez siedem lat- od 2793 do 2799 roku- trwała wyniszczająca wojna, Wojna Krasnoludów z Orkami. Pomimo drogiej zapłaty krasnoludów, zakończyła się ona wybiciem niemal wszystkich orków z Gór Mglistych. W Bitwie w Dolinie Azanulbizar pod Wschodnimi Wrotami Morii rozgromiono ostatecznie orków, a głowę Azoga, ich wodza, nabito na pal. Najbliższe stulecie przebiegało pod znakiem wolności od plugawego plemienia w Górach. Jednak zaraz potem orkowie wrócili do Gundabandu i Morii.

Rok 2941 był dla orków z Północy kolejnym rokiem porażki. Po śmierci smoka Samuga wszyscy wojownicy z Gundabandu ruszyli na krasnoludzkie królestwo Ereboru, gdzie u stóp Samotnej Góry rozegrała się potężna Bitwa Pięciu Armii. Wodzem orków był syn Azoga, Bolg z Północy, a który zamiast zemsty za jego śmierć znalazł własną i swojej armii.